-”loading”: toda página seja html ou swf deverá ser carregada, e um arquivo swf bem programado pode ter um tamanho bem menor do que um html, já que no flash você tem a possibilidade de usar gráficos vetorias que são bem menores que imagens em jpg ou png. E você pode usar carregamento de imagens e textos externos o que diminuirá mais ainda o tamanho do swf final.

scrolls – concordo que o scroll padão é meio feio, mas você tem a possibilidade de customizá-lo ou então você com um pouco de conhecimento em programação poderá criar um scroll e outros componentes como combobox, checkbox e etc do zero e reaproveitar esses componentes em outros projetos.

histórico de navegação – no flash é possível navegar usando os botões de avançar e voltar do navegador, e também é possível acessar uma sessão do site diretamente através do link da página. Basta você utilizar a biblioteca swfaddress.

sobre o ipad. você realmente acredita que alguém pode bloquear alguma coisa na internet? http://tecnoblog.net/30532/rodar-flash-ipad-jailbreak/